La revue PRESCRIRE nous informe:
Depuis fin 2021, la propagation du variant Omicron du Sars-CoV-2, identifié fin novembre en Afrique du Sud, est très rapide. Il semble nettement plus contagieux que les variants précédents, mais il est peut-être à l’origine de moins de formes graves de covid-19. Selon Santé publique France, depuis fin décembre 2021, le variant Omicron représenterait environ 62 % des virus Sars-CoV-2 détectés en France, cette proportion s’accroissant très rapidement (1). Quelles sont les principales données cliniques disponibles début 2022 sur le variant Omicron du Sars-CoV-2 ? Voici les principaux éléments rassemblés par notre veille documentaire, basés sur des analyses épidémiologiques d’Afrique du Sud et du Royaume-Uni concernant seulement l’Angleterre (2à6).
Estimation de la contagiosité et du risque de formes graves de covid-19 par rapport au variant Delta du Sars-CoV-2. Les données cliniques disponibles début 2022 apportent des informations en comparaison avec le variant Delta, largement prédominant jusqu’à l’émergence du variant Omicron. Mi-2021, on estimait que la contagiosité du variant Delta était environ 60 % supérieure à celle du variant Alpha et 2 fois plus grande que celle du Sars-CoV-2 non variant, et que le variant Delta exposait à un risque plus élevé de formes graves de covid-19 (7). Avec un surcroît d’hospitalisations avec le variant Delta de l’ordre de 50 % par rapport au variant Alpha, et d’environ 40 % par rapport au Sars-CoV-2 non variant (8).
Un risque d’hospitalisation environ 3 fois moindre qu’avec le variant Delta. Selon de premières analyses des données de santé en Angleterre rendues publiques les 23 et 31 décembre 2021 par l’Agence britannique UK Health Security Agency (Ukhsa), le variant Omicron est rapidement devenu prédominant sur le variant Delta, en 2 à 3 semaines (2,3). En Angleterre, au 29 décembre 2021, environ 200 000 personnes avaient eu une infection documentée par le variant Omicron, et 450 000 personnes une infection probable par ce variant (3).
Selon une première analyse d’environ 54 000 cas d’infection par le variant Omicron, au 18 décembre 2021, la moitié des infections confirmées ont concerné des adultes âgés de moins de 40 ans, avec environ autant d’hommes que de femmes (2). Parmi les 815 patients infectés par le variant Omicron hospitalisés en Angleterre au 29 décembre 2021, environ 30 % étaient âgés de 70 ans ou plus. Les 57 patients morts dans les 28 jours ayant suivi la détection du variant Omicron étaient âgés de 41 à 99 ans ; leurs éventuels facteurs de risque de formes graves de covid-19 n’ont pas été précisés (3).
Une comparaison du risque d’hospitalisation a porté sur environ 573 000 patients avec une infection rapportée au variant Delta versus 528 000 patients avec une infection rapportée au variant Omicron, en Angleterre. Parmi ceux ayant une infection rapportée au variant Omicron, 3 019 patients (0,6 %) ont été vus dans un service d’urgences ou hospitalisés. Chez les patients sans antécédent d’infection documentée par le Sars-CoV-2, en prenant en compte notamment leur âge et leur statut vaccinal, le risque d’hospitalisation a semblé 3 fois moindre avec le variant Omicron qu’avec le variant Delta (3).
À partir de données très proches, une équipe de l’Imperial College de Londres a mis en évidence un risque d’hospitalisation plus faible de 41 % (intervalle de confiance à 95 % : 37 % à 45 %) qu’avec le variant Delta ; et plus faible de 61 % (IC95 : 55 % à 65 %) qu’avec le variant Delta en cas d’infection antérieure par le Sars-CoV-2 (4).
Les résultats d’une étude de moindre niveau de preuves et de plus petit effectif, menée en Afrique du Sud sur un registre de données de santé, vont dans le même sens (5). En comparaison avec les vagues épidémiques précédentes, notamment celle où le variant Delta était prédominant, les résultats corroborent l’hypothèse d’une moindre gravité des infections par le variant Omicron en comparaison au variant Delta : moins de patients recevant une oxygénothérapie, moins d’hospitalisations en service de soins intensifs, durées d’hospitalisation plus courtes. Mais ces résultats sont d’interprétation fragile, car les patients infectés par le variant Omicron hospitalisés étaient plus jeunes et avaient environ 2 fois moins de facteurs de risque de formes graves de covid-19 (5).
Après deux doses vaccinales, l’efficacité préventive sur les maladies covid-19 symptomatiques s’atténue rapidement. Une analyse à partir de ces données de santé en Angleterre a aussi évalué l’efficacité vaccinale sur les variants Delta et Omicron, selon le nombre de doses de vaccins covid-19 reçues. Les deux vaccins à ARN messager, tozinaméran (Comirnaty°) et élasoméran (Spikevax°), ainsi qu’un vaccin à vecteur viral, le vaccin covid-19 ChAdOx1-S (Vaxzevria°), ont été pris en compte dans cette analyse. L’efficacité de ces vaccins en prévention des maladies covid-19 symptomatiques a semblé moindre vis-à-vis du variant Omicron que vis-à-vis du variant Delta, quel que soit le délai après la dernière dose reçue. Selon cette analyse, 2 à 4 semaines après deux doses de tozinaméran, la vaccination a semblé prévenir 95 % des maladies covid-19 symptomatiques liées au variant Delta, et 65 % de celles liées au variant Omicron. Après un délai de 20 à 24 semaines, la vaccination a semblé prévenir encore 75 % des maladies covid-19 symptomatiques liées au variant Delta, alors que l’efficacité vaccinale est devenue quasi nulle en prévention de celles liées au variant Omicron (3).
Une certaine efficacité vaccinale conservée vis-à-vis des formes graves de covid-19. L’efficacité vaccinale en prévention des formes graves de covid-19 a semblé meilleure que pour l’ensemble des maladies covid-19 symptomatiques, toutes gravités confondues : réduction du risque d’hospitalisation de 72 % (IC95 : 55 % à 83 %) dans les 24 semaines après une deuxième dose, et de 88 % (IC95 : 78 % à 93 %) après une dose de rappel vaccinal. Cependant, on ne dispose pas d’une longue période de recul chez les patients ayant reçu une dose de rappel vaccinal (3).
Une autre étude, menée sur un registre de données de santé d’un organisme sud-africain d’assurance maladie et de soins, a évalué l’efficacité de deux doses de tozinaméran sur le risque d’hospitalisation en raison d’une maladie covid-19 symptomatique, en comparant une période où le variant Delta était prédominant (du 1er au 30 octobre 2021) et une autre où le variant Omicron représentait plus de 75 % des virus Sars-CoV-2 détectés (du 15 novembre au 7 décembre 2021) (6). Ces résultats, qui reposent sur une probabilité d’infection par tel ou tel variant et non sur leur détection, sont moins solides. Ils vont dans le même sens que les résultats issus des données anglaises. Cette étude n’apporte pas de données sur l’efficacité d’une dose de rappel vaccinal sur le risque de formes graves de covid-19.
En pratique : début 2022, malgré un moindre risque de formes graves avec le variant Omicron, vaccination et autres mesures de prévention restent justifiées. Début janvier 2022, selon de premières données cliniques fondées sur plusieurs centaines de milliers d’infections par le variant Omicron du Sars-CoV-2, par rapport au variant Delta, le risque d’hospitalisation lié au variant Omicron est vraisemblablement environ trois fois plus faible. On ne dispose pas de données pour estimer ce risque en fonction des facteurs de risque de formes graves de covid-19. L’efficacité préventive contre les maladies covid-19 d’une vaccination initiale avec deux doses s’amoindrit avec le temps, et la baisse d’efficacité semble plus rapide avec le variant Omicron qu’avec le variant Delta, ce qui justifie de proposer une dose de rappel vaccinal aux adultes. La forte augmentation du nombre d’infections par le Sars-CoV-2 liée à la propagation du variant Omicron tend à masquer l’importance du nombre d’infections liées au variant Delta, qui continue à circuler. Mettre en œuvre une vaccination des adultes encore non vaccinés et appliquer les gestes barrières restent des mesures importantes et justifiées par la situation épidémiologique.
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Sources :
1- Santé publique France « Covid-19. Point épidémiologique du 30 décembre 2021 ». Site www.santepubliquefrance.fr consulté le 31 décembre 2021.
2- UK Health Security Agency « Sars-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 33 » 23 décembre 2021 : 42 pages.
3- UK Health Security Agency « Sars-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing : update on hospitalisation and vaccine effectiveness for Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529) » 31 décembre 2021 : 17 pages.
4- Ferguson N et coll. « Report 50. Hospitalisation risk for Omicron cases in England » Imperial College London 22 décembre 2021 : 12 pages.
5- Maslo C et coll. « Characteristics and outcomes of hospitalized patients in South Africa during the covid-19 omicron wave compared with previous waves » JAMA 2021 ; en ligne : 2 pages.
6- Collie S et coll. « Effectiveness of BNT162b2 vaccine against omicron variant in South Africa » N Engl J Med 2021 ; en ligne : 3 pages.
7- Prescrire Rédaction « Dans l’actualité. Variant Delta du Sars-CoV-2 : dans quelle mesure les vaccins covid-19 sont-ils efficaces ? » 1er juillet 2021.
8- Andronico A et coll. « Impact du variant Omicron sur l’épidémie covid-19 et son contrôle en France métropolitaine durant l’hiver 2021-2022 » Institut Pasteur, 27 décembre 2021 : 28 pages.